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Los Síntomas que se presentan con el síndrome pueden ser muy variables dependiendo del genotipo e implica funciones involuntarias del organismo, tales como: la respiración, el ritmo del corazón, los movimientos del intestino, el movimiento de las pupilas y la temperatura corporal.

La respiración

 Síntoma característico de la enfermedad, se presenta en todos los pacientes y es una condición de por vida.
Respiración inadecuada ya que es superficial (hipoventilación) o ausencia de respiración (apnea) mientras se duerme, se esta enfermo, concentrado, cansado y/o estresado.
Las Apneas comúnmente se presentan durante el sueño (fase no REM) y en algunas personas también se puede presentar cuando están despiertos.
Esta carencia puede generar niveles bajos de saturación de oxígeno (hipoxia) o a la retención de CO2 (hipercapnia).
Se carece de una sensación de falta de aire cuando el organismo lo requiere.

Otras posibles afectaciones

Arritmias Cardiacas.
Dificultad en la succión y la deglución.
Estreñimiento por hipomotilidad intestinal
Reflujo.
Enfermedad de Hirschprung.
Alteraciones oculares.
El riesgo de tumores en la cresta neural, ganglioneuromas, neuroblastomas, ganglioneuroblastomas, etc
Hipogleucemia
Alteración en el control de la temperatura corporal.
Sudoraciones abundantes.